中國經濟體制改革在1993年開始進入市場經濟階段，市場機制與之相對應的，金融體制也進入深化改革階段。資本市場進一步發(fā)展，建立銀行同業(yè)拆借市場、國庫券交易市場，市場機制發(fā)展票據貼現(xiàn)市場；發(fā)展企業(yè)債券發(fā)行、交易市場；建立發(fā)展股票發(fā)行、市場機制交易市場；進一步拓寬銀行信貸發(fā)展領域；積極發(fā)展保險業(yè)務。

在這一階段，科技金融發(fā)展的主要特征就是市場配置科技金融資源機制的建立和發(fā)展。這一階段以1998年“火炬計劃”的實施為開端，在“火炬計劃”前，中國大多數科技計劃主要依靠國家財政撥款，屬于指令性計劃，其市場機制科研成果推廣轉化率往往較低。“火炬計劃”是中國第一個以市場機制為基礎的科技計劃，在此平臺上，風險投資、企業(yè)市場機制集合債券等科技金融創(chuàng)新工具得以順利誕生、發(fā)展。這一市場機制階段其他重要科技金融事件包括：中國第一個高新技術開發(fā)區(qū)誕生、“973”計劃實施、“211”工程實施等。科技貸款在這一時期也得到快速發(fā)展，1990年中國人民銀行正式設立科技開發(fā)貸款項目，市場機制科技貸款管理制度不斷完善，科技貸款工具逐步引入國家專項科技計劃。在國家“星火計劃”實施期間，銀行貸款提供資金供給比例達到37.3%，國家“火炬計劃”實施也充分利用銀行信貸資金為研發(fā)項目提供資金。